O crescimento em transportes acompanha a ampliação do grupo e o torna auto-suficiente em logística, com a garantia de integridade das cargas e pontualidade nos prazos de entrega, características fundamentais para empresas integradas ao sistema Just in time.

As unidades de transporte, cada uma delas composta de trator e carreta, atendem, além da Comexim Café e Comexim Bebidas, empresas como Maratá, Armazéns Gerais Grande Leste, Icatu, Química Amparo (Ipê), Penha Indústria de Papel, Cofap, IVL Agrícola e Champion Celulose e Papel, entre outras.

Com início das atividades no ano 2.000, ainda com o nome de Roma Transportes, noventa por cento dos serviços eram prestados para a Comexim Café.

Em 2.005, a Comexim adquiriu 50% da transportadora para atender a necessidade de diversificação das atividades do grupo, que até então se dedicava exclusivamente ao comércio e exportação de café. A partir de 2.007 a transportadora foi adquirida pelo grupo, e passou a se chamar Comexim Transportes.